RNA pull down是體外條件下尋找目標RNA的結合蛋白的方法。先將體外轉錄的RNA結合到Beads上,再將RNA-Beads和細胞裂解液孵育,這樣與目標RNA結合的蛋白便會一起吸附在Beads上。洗滌掉不結合的蛋白后,用洗脫液將RNA-protein復合物從Beads洗脫下來,之后可以采用Western Blot技術檢測特定的結合蛋白,還可以采用質(zhì)譜方法鑒定與目標RNA結合的未知蛋白。
輝駿生物10年科研服務經(jīng)驗,專業(yè)提供分子互作實驗服務,包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術,經(jīng)驗豐富,實驗結果穩(wěn)定、可靠。
我公司自有分子、細胞和質(zhì)譜實驗平臺,能執(zhí)行最優(yōu)的實驗路線,對微量互作蛋白的質(zhì)譜鑒定有充足把控力,對后續(xù)功能分析有獨到見解。
我們不僅會提供專業(yè)的售前方案建議、而且售后技術支持將一直保持到文章發(fā)表,確保您安心進行下游實驗及投稿。
目前,客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章(點擊查看客戶文獻)。
RNA結合蛋白(RNA binding protein,RBP)是一類功能強大而廣泛的調(diào)節(jié)因子,約占細胞編碼的所有蛋白的5%~10%。目前除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨發(fā)揮功能,大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發(fā)揮作用。
一方面,RBP參與RNA合成、可變剪接、修飾、轉運、翻譯及胞內(nèi)定位等多個轉錄后調(diào)控過程,調(diào)控mRNA穩(wěn)定性、lncRNA活性、miRNA沉默復合體形成等生物學過程;另一方面,RNA也會調(diào)節(jié)這些蛋白質(zhì)的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用,從而影響RBP介導的各種細胞事件。RNA與蛋白質(zhì)的相互作用對于維持細胞穩(wěn)態(tài)是非常重要的,干擾這種相互作用將會導致細胞功能失調(diào)和相關疾病的發(fā)生。
目前研究RNA-蛋白質(zhì)相互作用的方法分為兩大類:一是以感興趣的RNA為中心,尋找與該RNA結合的蛋白質(zhì);二是以感興趣的蛋白質(zhì)為中心,尋找與該蛋白質(zhì)結合的RNA。RNA pull down屬于前者,通過體外轉錄的方式將感興趣的RNA帶上標簽,通過該標簽使RNA結合到樹脂支持物上,再加入樣本蛋白質(zhì)與RNA結合,洗滌、洗脫得到與目標RNA結合的蛋白質(zhì)。
服務項目 | 服務內(nèi)容 | 結果交付 | 實驗周期 | 客戶提供 | 價格 |
RNA pull down WB (驗證型) | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 4-5周 | 實驗樣本 目標基因質(zhì)粒模板 待測蛋白抗體 實驗信息表 | |
Western blot檢測樣本中的待測蛋白 | Western blot檢測圖 | ||||
RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白 | RNA pull down實驗報告 Western blot檢測圖 | ||||
RNA pull down MS (篩選型) | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 6-7周 | 實驗樣本 目標基因質(zhì)粒模板 實驗信息表 | |
RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白 | SDS-PAGE銀染檢測圖 RNA pull down實驗報告 | ||||
LC-MS/MS檢測及數(shù)據(jù)分析 | 質(zhì)譜檢索結果及報告 互作蛋白篩選表格 生信分析結果和報告 |
樣本類型 | RNA pull down WB建議送樣量 | RNA pull down MS建議送樣量 |
動物細胞 | 3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿) | 5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿) |
動物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
植物根或果實 | 4g/組 | 8g/組 |
菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意:以上均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物索取。
保存及運輸:-80℃保存,干冰取樣/運輸,至少在送樣前2天通知我司。
左:RNA pull down WB檢測圖(陽性); 右:RNA pull down MS產(chǎn)物銀染圖
RNA pull down MS質(zhì)譜檢索表格(部分展示)
正義鏈組獨有蛋白(潛在結合蛋白)的生物信息學分析結果(部分展示)
The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia.
Journal of Hematology & Oncology. 2020. (中科院1區(qū),IF=23.168)
大量的臨床樣本檢測發(fā)現(xiàn),一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達,因此研究者們繼續(xù)探索了它在MLL中的的作用機制。通過RNA pull down和RIP-qPCR技術,他們發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉移酶),并通過ChIP-seq和ChIP-qPCR實驗證明LAMP5-AS1能夠影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平。本研究確定了lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新和分化阻滯中起重要的作用,對維持DOT1L酶的高活性有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。
1. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research, 2015. 中科院1區(qū),IF=46.297. 【研究內(nèi)容】:作者通過RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術,證實了lincRNA-p21與HNRNPK結合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復合物。該復合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應組蛋白,并改變了它們的表達量,從而進一步影響體細胞重編程過程。 使用相關技術:RNA pull-down |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 2018. 中科院1區(qū),IF=47.99. |
3. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene, 2020. 中科院1區(qū),IF=8.756. |
1
十年服務經(jīng)驗,客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
2
對圍繞RNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等。
3
自有蛋白質(zhì)組學平臺,對RNA pull down產(chǎn)物這類微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解。
4
售后技術支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確保客戶安心進行下游實驗及投稿。
輝駿實力
1. RNA pull down WB,用于檢測目標RNA與某樣本中的待測蛋白是否存在相互作用;
2. RNA pull down MS,用于篩選目標RNA與某樣本中的哪些蛋白具有相互作用。
RNA Pull down檢測服務 | |||||
服務項目 | 服務內(nèi)容 | 結果交付 | 實驗周期 | 客戶提供 | 價格 |
RNA pull down WB | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 5-6周 | 1、實驗樣本 2、含有目標基因序列的質(zhì)粒模板及測序文件 3、待測蛋白抗體 4、實驗信息表(樣本信息、抗體信息、目標RNA和待測蛋白序列) | |
Western blot檢測待測樣本中的待測蛋白 | Western blot檢測圖 | ||||
RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白 (2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組) | RNA pull down實驗報告 | ||||
Western blot檢測RNA Pull down產(chǎn)物中的待測蛋白 | Western blot檢測圖 | ||||
RNA pull down MS | 制備RNA正義鏈和反義鏈探針 | 探針電泳圖 | 8-9周 | 1、實驗樣本 2、含有目標基因序列的質(zhì)粒模板及測序文件 3、實驗信息表(樣本信息、目標RNA序列) | |
RNA pull down捕獲目標RNA及其結合蛋白 (2組:正義鏈孵育組、反義鏈孵育組) | pull down實驗報告 | ||||
SDS-PAGE評估RNA pull down產(chǎn)物中的蛋白含量和數(shù)量 | SDS-PAGE銀染檢測圖 | ||||
LC-MS/MS定性檢測pull down產(chǎn)物的蛋白、篩選實驗組獨有蛋白(潛在互作蛋白) | 質(zhì)譜檢索表格、互作蛋白篩選表格、檢測報告 | ||||
針對互作蛋白做生物信息學分析(GO、KEGG pathway、String) | 生物信息學分析結果和報告 | 1周 |
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十年服務經(jīng)驗,客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
2
對圍繞RNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等。
3
自有蛋白質(zhì)組學平臺,對RNA pull down產(chǎn)物這類微量蛋白的質(zhì)譜鑒定有十足的把控能力,對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解。
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售后技術支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確??蛻舭残倪M行下游實驗及投稿。
樣本類型 | RNA pull down WB建議送樣量 | RNA pull down MS建議送樣量 |
動物細胞 | 3*10e7個細胞/組(約3個10cm皿) | 5*10e7個細胞/組(約5個10cm皿) |
動物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
植物根或果實 | 4g/組 | 8g/組 |
菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意:這里列出的均為每組樣本的送樣量,如果實驗和對照組用的樣本一致,此樣本量*2。詳細送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。
(1)樣本用PBS清洗干凈后,離心去掉液體,先放入液氮中速凍,再轉移至-80℃冰箱中保存;
(2)樣本一定要做好標記,應用油性防凍記號筆或標簽紙在管上注明樣本名稱或編號;
(3)樣本較多或需要分批做,要將樣本分裝;
(4)干冰取樣/運輸;需要至少在送樣前一天通知我方。
RNA pulldown WB:Western blot檢測圖(陽性)
RNA pull-down MS:SDS-PAGE銀染檢測圖
RNA pull down-MS:質(zhì)譜檢索表格(部分展示)
【研究內(nèi)容】:作者通過RNA pull-down、RIP-qPCR、CoIP等技術,證實了lincRNA-p21與HNRNPK結合,并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成復合物。該復合物甲基化了多能性基因的啟動子序列及相應組蛋白,并改變了它們的表達量,從而進一步影響體細胞重編程過程。 使用相關技術:rna pull-down、RNA-蛋白相互作用 |
2. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods,15(3): 213–220. 2018,IF=28.467. |
![]() | 3. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology.2020,IF=11.059. |
![]() | 4. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene. 2020,IF=7.971. |
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名稱 | 貨號 | 規(guī)格 | 貨期 | 價格 |
F2 RNA pull down試劑盒 | FI8701(動物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | |
FI8711(植物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
FI8721(微生物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
生物素RNA pull down試劑盒 | FI8702(動物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | |
FI8712(植物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 | ||
FI8722(微生物) | 12次/24次/40次 | 現(xiàn)貨 |
輝駿生物自主研發(fā)的 F2-RNA pull-down 試劑盒(專利號:ZL202111160837.9),利用一段只有16nt的RNA標簽“F2”與目標RNA連接,通過固定在磁珠上的特異性配體與F2標簽的強親和力,高效調(diào)取目標RNA,同時捕獲與之結合的蛋白;之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白,也可以采用質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術鑒定未知蛋白。
輝駿生物FII-RNA pull down試劑盒和方法及其應用專利證書
RNA結合蛋白(RBPs)是一類功能強大而廣泛的調(diào)節(jié)因子,約占細胞編碼的所有蛋白的5%-10%。除了少數(shù)RNA以核酶形式單獨發(fā)揮功能,大部分RNA通過與蛋白結合形成RNA-蛋白復合物來發(fā)揮作用。一方面,RBP參與RNA調(diào)控,另一方面,RNA也會調(diào)控RBPs。以下列舉了可應用F2-RNA pull down試劑盒幾個研究方向:
1. RNA活性、轉運、定位調(diào)控;
2. RNA穩(wěn)定性、翻譯和降解;
3. RNA合成、可變剪切;
4. RNA修飾;
5. RBPs的活性、定位或與其他蛋白質(zhì)相互作用。
試劑名稱 | 體積(12 Tests) | 體積(24 Tests) | 保存條件 |
磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解緩沖液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2緩沖液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
RNA結構緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脫緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制劑 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制劑 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
F2配體 | 250 μL | 500 μL | -20 ℃ |
1、F2標簽是一段RNA序列,可以連接和標記各種類型的RNA;
2、F2標簽很短,只有16nt,幾乎不影響目標RNA的結構或功能;
3、可以用于體內(nèi)或體外標記目標RNA;
4、F2標簽與其特異性配體具有很強親和力,能夠高效調(diào)取F2-RNA及其結合蛋白。
RNA pull-down是檢測RNA及其結合蛋白(RNA binding protein,RBP)之間相互作用的主要實驗手段之一。生物素-RNA pull down試劑盒利用體外轉錄的生物素標記RNA來模擬天然RNA分子,作為探針,與樣本裂解液孵育,探針與裂解液中的蛋白形成RNA-蛋白質(zhì)復合物;通過鏈霉親和素磁珠與生物素之間的強親和力,特異性捕獲生物素標記的RNA,從而實現(xiàn)RNA結合蛋白(RBPs)的捕獲富集;之后可以采用Western Blot技術檢測特定蛋白,也可以采用質(zhì)譜(LC-MS/MS)技術鑒定未知蛋白。
試劑名稱 | 體積(12 Tests) | 體積(24 Tests) | 保存條件 |
鏈霉親和素磁珠 | 500 μL | 1 mL | 4 ℃ |
裂解緩沖液 | 7 mL | 14 mL | 4 ℃ |
NT2緩沖液 | 16 mL | 32 mL | 4 ℃ |
RNA結構緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | 4 ℃ |
漂洗液 | 32 mL | 64 mL | 4 ℃ |
洗脫緩沖液 | 650 μL | 1.3 mL | -20 ℃ |
蛋白酶抑制劑 | 230 μL | 460 μL | -20 ℃ |
RNase抑制劑 | 65 μL | 130μL | -20 ℃ |
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